বাংলাদেশের নৌ-বাণিজ্য খাতের সূচনা ও ইতিহাস অত্যন্ত গৌরবময় ও সমৃদ্ধ। ব্রিটিশ শাসনামলে কলকাতা মেরকান্টাইল মেরিন দপ্তরের শাখা অফিস হিসেবে নৌ-বাণিজ্য দপ্তরের যাত্রা শুরু হয়। পরবর্তীতে পাকিস্তান আমলে এই দপ্তর বাণিজ্য মন্ত্রণালয়, যোগাযোগ মন্ত্রণালয় ও প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের অধীনে পরিচালিত হয়।

১৯৭১ সালে মহান মুক্তিযুদ্ধের মাধ্যমে বাংলাদেশের স্বাধীনতা লাভের পর নৌ-বাণিজ্য দপ্তর বাংলাদেশ সরকারের যোগাযোগ মন্ত্রণালয়ের (বন্দর, নৌপরিবহন ও অভ্যন্তরীণ নৌপরিবহন বিভাগ) অধীনে অন্তর্ভুক্ত হয়। পরবর্তীতে বর্তমান নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের অধীনে দেশের সমুদ্রগামী ও উপকূলীয় নৌযান ব্যবস্থাপনা, নিয়ন্ত্রণ ও সুরক্ষা নিশ্চিতকরণে দপ্তরটি কার্যক্রম পরিচালনা করছে।

নৌ-বাণিজ্য দপ্তর দেশের সমুদ্র বাণিজ্য, নৌপরিবহন নিরাপত্তা, আন্তর্জাতিক নৌ আইন বাস্তবায়ন এবং পরিবেশ সংরক্ষণে এক গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে আসছে। দেশের অর্থনীতির অগ্রযাত্রায় সমুদ্র বাণিজ্য ব্যবস্থার আধুনিকায়ন ও টেকসই উন্নয়নে নৌ-বাণিজ্য দপ্তর নিরলসভাবে কাজ করে যাচ্ছে।