নৌ-বাণিজ্য দপ্তর (Mercantile Marine Department - MMD) বাংলাদেশের সমুদ্রগামী ও উপকূলীয় নৌযানগুলোর নিবন্ধন, পরিদর্শন, সার্ভে, সার্টিফিকেশন, নৌ-নিরাপত্তা নিশ্চিতকরণ এবং আন্তর্জাতিক সমুদ্র আইন বাস্তবায়নের জন্য নির্ধারিত একটি সরকারি নিয়ন্ত্রক প্রতিষ্ঠান।

এই দপ্তর ব্রিটিশ শাসনামলে কলকাতা মেরকান্টাইল মেরিন দপ্তরের শাখা অফিস হিসেবে প্রতিষ্ঠিত হয়। পরবর্তীতে পাকিস্তান আমলে বাণিজ্য মন্ত্রণালয়, যোগাযোগ মন্ত্রণালয় এবং প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের অধীন পরিচালিত হয়।

বাংলাদেশের স্বাধীনতা লাভের পর এই দপ্তর প্রথমে যোগাযোগ মন্ত্রণালয়ের (বন্দর, নৌপরিবহন ও অভ্যন্তরীণ নৌ-পরিবহন বিভাগ) আওতাধীন ছিল। বর্তমানে এটি নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের অধীনে পরিচালিত হচ্ছে। বর্তমানে চট্টগ্রামে প্রধান অফিসের পাশাপাশি খুলনা (১৯৯৮ সাল) এবং পায়রা (২০২০ সাল) এলাকায় দুটি শাখা অফিস রয়েছে।